黃酮類化合物多為結(jié)晶性固體，少數(shù)(如黃酮苷類)為無定形粉末。游離的苷元中，除二氫黃酮、二氫黃酮醇、黃烷及黃烷醇有旋光性外，其余均無光學(xué)活性。黃酮苷類由于在結(jié)構(gòu)中引入糖分子，故均有旋光性，且多為左旋。黃酮類化合物的顏色與分子中是否有交叉共軛體系及助色團(tuán)(--OH、--OCH，等)的種類、數(shù)目、取代位置有關(guān)。以黃酮為例來說，其色原酮部分原本是無色的，但在2一位上引入苯環(huán)后，即形成了交叉共軛體系，使共軛鏈延長(zhǎng)，因而顯現(xiàn)出顏色。一般情況下，黃酮、黃酮醇及其苷類多顯灰黃至黃色，查耳酮為黃至橙黃色，而二氫黃酮、二氫黃酮醇、異黃酮類，因不具有交叉共軛體系或共軛鏈較短，故不顯色(二氫黃酮及二氫黃酮醇)或顯淺黃色(異黃酮)。

　　特別指出的是，在上述黃酮、黃酮醇分子中，尤其在7-位及4’一位引入-0H及-0CH3等助色團(tuán)后，則因有促進(jìn)電子移位、重排作用，而使化合物的顏色加深。如果-OH、-OCH，引入其他位置，則影響較小。

　　花色素及其苷元的顏色隨pH不同而改變，一般顯紅(pH<7)、紫(pH=8.5)、藍(lán)(pH>8.5)等顏色。