水溶性生物堿主要指季銨堿，常在提取脂溶性生物堿后的堿液中用沉淀法或溶劑法進行分離。

　　(一)沉淀法

　　利用水溶性生物堿可與生物堿沉淀試劑反應(yīng)，生成難溶于水的復(fù)合物而從水中沉淀析出，與留在濾液中的水溶性雜質(zhì)分離，以獲得純度較高的水溶性生物堿或其鹽。

　　(二)溶劑法

　　利用水溶性生物堿能夠溶于極性較大而又能與水分層的有機溶劑(如正丁醇、異戊醇或三氯甲烷一甲醇的混合溶劑等)的性質(zhì)，用這類溶劑與含水溶性生物堿的堿水液反復(fù)萃取，使水溶性生物堿與強親水性的雜質(zhì)得以分離。