參考答案：（1）公司章程關(guān)于利潤(rùn)的約定符合法律規(guī)定。根據(jù)規(guī)定，公司彌補(bǔ)虧損后和提取公積金所余稅后利潤(rùn)，有限責(zé)任公司按照股東實(shí)繳的出資比例分配，但全體股東約定不按照出資比例分配的除外；股份有限公司按照股東持有的股份比例分配，但股份有限公司章程規(guī)定不按持股比例分配的除外。本題中，公司章程中可以約定不按照持股比例分配。
（2）人民法院不能直接認(rèn)定股東蔡某未履行出資義務(wù)。根據(jù)規(guī)定，出資人以房屋土地使用權(quán)或者需要辦理權(quán)屬登記的知識(shí)產(chǎn)權(quán)等財(cái)產(chǎn)出資，已經(jīng)交付公司使用但未辦理權(quán)屬變更手續(xù)的，當(dāng)公司、其他股東或者公司債權(quán)人主張認(rèn)定出資人未履行出資義務(wù)的人民法院應(yīng)當(dāng)責(zé)令當(dāng)事人在指定的合理期間內(nèi)辦理權(quán)屬變更手續(xù)；在前述期間辦理了悅屬變更手續(xù)的，人民法院應(yīng)當(dāng)認(rèn)定其已經(jīng)履行了出資義務(wù)。本題中，人民法院應(yīng)當(dāng)責(zé)令蔡某在指定的合理期間內(nèi)辦理權(quán)屬變更手續(xù)，不能直接認(rèn)定其未履行出資義務(wù)。
（3）萬某不符合獨(dú)立董事的任職資格。
根據(jù)規(guī)定，在上市公司或者其附屬企業(yè)任職的人員及其直系親屬、主要社會(huì)關(guān)系（直系親屬是指配偶、父母、子女等；主要社會(huì)關(guān)系是指兄弟姐妹、岳父母、兒媳女婿、兄弟姐妹的配偶、配偶的兄弟姐妹等）不得擔(dān)任獨(dú)立董事。本題中萬某屬于主要社會(huì)關(guān)系，不得擔(dān)任獨(dú)立董事。
（4）公司有權(quán)拒絕股東王某的回購請(qǐng)求。
根據(jù)規(guī)定，股份有限公司異議股東回購請(qǐng)求權(quán)只是限于對(duì)股東大會(huì)作出的公司合并、分立決議持異議的情形。本題中，增加注冊(cè)資本不屬于異議股東請(qǐng)求回購股權(quán)的范圍，公司有權(quán)拒絕股東王某的回購請(qǐng)求權(quán)。
（5）王某將其所持有的股份全部轉(zhuǎn)讓給薛某不符合規(guī)定。根據(jù)規(guī)定，公司公開發(fā)行股份前已經(jīng)發(fā)行的股份，自公司在證券交易所上市交易之日起1年內(nèi)不得轉(zhuǎn)讓。因司法強(qiáng)制、繼承、遺贈(zèng)、依法分割等導(dǎo)致股份變動(dòng)的除外。本題中，王某轉(zhuǎn)讓所持股份的時(shí)間距公司在證券交易所上市交易不足1年。

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相關(guān)知識(shí)：第三節(jié) 有限責(zé)任公司