參考答案：（1）該工程的合同工期為240天。根據(jù)《水利水電工程標(biāo)準(zhǔn)施工招標(biāo)文件》（2009年版），除合同另有規(guī)定外，解釋合同的優(yōu)先順序中，協(xié)議書優(yōu)先于招標(biāo)文件，因此，合同工期應(yīng)按協(xié)議書中的工期為準(zhǔn)。
（2）施工單位、設(shè)計(jì)單位的做法不妥。根據(jù)《水利水電工程標(biāo)準(zhǔn)施工招標(biāo)文件》（2009年版）的有關(guān)內(nèi)容，工程變更可以由發(fā)包人、監(jiān)理機(jī)構(gòu)提出，也可以由設(shè)計(jì)單位或承建單位提出變更要求和建議，報(bào)經(jīng)發(fā)包人或由發(fā)包人授權(quán)監(jiān)理機(jī)構(gòu)按工程承建合同文件規(guī)定審查和批準(zhǔn)。工程變更指令由發(fā)包人或發(fā)包人授權(quán)監(jiān)理機(jī)構(gòu)審查、批準(zhǔn)后發(fā)出。因此，施工單位向設(shè)計(jì)單位提出變更建議不符合規(guī)定，設(shè)計(jì)單位向施工單位發(fā)出設(shè)計(jì)修改文件也不符合規(guī)定。
（3）根據(jù)《水利水電工程標(biāo)準(zhǔn)施工招標(biāo)文件》（2009年版），變更需要調(diào)整合同價(jià)格時(shí)，按以下原則確定其單價(jià)或合價(jià)：
①本合同《工程量清單》中有適用于變更工作的項(xiàng)目時(shí)，應(yīng)采用該項(xiàng)目的單價(jià)；
②本合同《工程量清單》中無適用于變更工作的項(xiàng)目時(shí)，則可在合理的范圍內(nèi)參考類似項(xiàng)目的單價(jià)或合價(jià)作為變更估價(jià)的基礎(chǔ)，由監(jiān)理人與承包人協(xié)商確定變更后的單價(jià)或合價(jià)；
③本合同《工程量清單》中無類似項(xiàng)目的單價(jià)或合價(jià)可供參考，則應(yīng)由監(jiān)理人與發(fā)包人和承包人協(xié)商確定新的單價(jià)或合價(jià)。
（4）A最合理。根據(jù)《水利水電工程施工合同和招標(biāo)文件示范文本》GF—2000—0208有關(guān)規(guī)定，工程量清單中無適用于變更工作的項(xiàng)目時(shí)，則可在合理的范圍內(nèi)參考類似項(xiàng)目的單價(jià)或合價(jià)作為變更估價(jià)的基礎(chǔ)。A與“跨河公路橋基礎(chǔ)破碎巖石開挖”最為類似，因此認(rèn)為A單價(jià)最為合理。
（5）檢驗(yàn)費(fèi)用支付申請和工期索賠不成立。由于此事件是承包方施工質(zhì)量不合格引起的。根據(jù)《水利水電工程標(biāo)準(zhǔn)施工招標(biāo)文件》（2009年版），由于承包方原因未能按合同進(jìn)度計(jì)劃完成預(yù)定工作，承包方應(yīng)采取趕工措施趕上進(jìn)度。若采取趕工措施后仍未能按合同規(guī)定的完工日期完工，承包方除自行承擔(dān)采取趕工措施所增加的費(fèi)用外，還應(yīng)支付逾期完工違約金。
檢驗(yàn)結(jié)果證明該材料或工程設(shè)備質(zhì)量不符合合同要求，則應(yīng)由承包方承擔(dān)抽樣檢驗(yàn)的費(fèi)用；檢驗(yàn)結(jié)果證明該材料或工程設(shè)備質(zhì)量符合合同要求，則應(yīng)由發(fā)包方承擔(dān)抽樣檢驗(yàn)的費(fèi)用。

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