參考答案：

（1）根據(jù)土地增值稅相關(guān)規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)逾期開發(fā)繳納的土地閑置費(fèi)在土地增值稅清算時(shí)不得扣除。（2）根據(jù)土地增值稅相關(guān)規(guī)定，土地增值稅清算時(shí)，已經(jīng)計(jì)入房地產(chǎn)開發(fā)成本的利息支出，應(yīng)調(diào)整至財(cái)務(wù)費(fèi)用中計(jì)算扣除。（3）稅務(wù)機(jī)關(guān)可以要求甲公司進(jìn)行土地增值稅清算。根據(jù)土地增值稅相關(guān)規(guī)定，符合下列情形之一的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)可要求納稅人進(jìn)行土地增值稅清算：①已竣工驗(yàn)收的房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目，已轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)建筑面積占整個(gè)項(xiàng)目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經(jīng)出租或自用的；②取得銷售（預(yù)售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；③納稅人申請注銷稅務(wù)登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的；④省稅務(wù)機(jī)關(guān)規(guī)定的其他情況。（4）根據(jù)土地增值稅相關(guān)規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)扣留建筑安裝施工企業(yè)一定比例的工程款，作為開發(fā)項(xiàng)目的質(zhì)量保證金，在計(jì)算土地增值稅時(shí)，建筑安裝施工企業(yè)就質(zhì)量保證金對房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)開具發(fā)票的，按發(fā)票所載金額予以扣除；未開具發(fā)票的，扣留的質(zhì)保金不得計(jì)算扣除。

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